自2009年起上海航交所作为全国唯一的运价备案受理机构，受理全国各口岸集装箱班轮的运价备案工作，维护班轮市场秩序和国际海运业健康发展。
中国国际贸易运输90%以上由海运完成。2008年爆发的全球金融危机，对国际海运业产生严重影响，港口货物、外贸货物及集装箱吞吐量出现前所未有的负增长，部分港口集装箱吞吐量降幅甚至达20%以上。2009年年初，一些班轮公司开始利用低价倾销手段争夺市场份额，对整个行业的长远健康发展产生了负面影响。
为稳定班轮市场，保障公平竞争，促进航运业健康发展，交通运输部适时推出班轮运价备案制度，以弥补市场本身难以实现对非理性竞争“自动纠偏”的不足，以稳定运价的方式，保障运输各方当事人的权益。
上海航运交易所（上海航交所）作为中国唯一的国家级航运交易所，致力于协助政府规范航运市场。交通运输部指定上海航交所为唯一的运价备案受理机构，制定运价备案操作指南，提供相应的技术服务，并承担保守涉及商业秘密的运价备案信息的义务。
目前，上海航交所接收全国各口岸国际集装箱班轮、无船承运业务经营者、台湾航线及国内水路集装箱班轮的运价备案受理工作，运价信息量达1亿条/年，形成了全国航运市场的运价信息中心。
备案精细化发展
班轮运价备案制度是交通运输部对国际集装箱班轮准入后管理的重要制度，对中国行政管理体制改革后加强班轮市场的事中、事后监管具有现实意义。运价备案制度1997年起在江浙沪试行，2009年在全国范围内正式实施。备案领域从国际集装箱班轮逐步拓展到无船承运人、台湾海峡两岸间集装箱班轮及国内水路集装箱班轮等。
近年来，班轮运价备案制度的整体政策效应不断显现，中国水运市场监管体系也日渐完善：2009年6月9日，交通运输部发布第20号公告，自2009年6月15日起在全国范围实施班轮运价备案制度，过渡期为45天；2010年9月15日，交通运输部发布第40号公告，自2010年10月1日起实行无船承运业务经营者班轮运价备案制度，过渡期为60天；2012年12月19日，交通运输部发布第65号公告，自2013年3月1日起实施台湾海峡两岸班轮运价备案制度；2013年10月，交通运输部发布第64号公告，班轮公司从11月15日开始实施精细化备案，过渡期为3个月，2014年2月15日起实施；2014年7月29日，交通运输部发布第148号公告，自即日起施行国内水路集装箱班轮运价备案管理。
按照“积极稳妥、分步实施”的总体部署，班轮运价备案制度经过稳步发展，已向“报得准”的目标推进。
班轮运价备案制度实施初期，为应对全球金融危机，尽快推进该项制度，减轻备案人的负担，班轮运价实行幅度备案；伴随外部形势的发展和业内竞争关系加剧，幅度备案已不适应市场监管需求，为提高备案数据的准确性、有效性，维护运价备案制度严肃性，2014年交通运输部对班轮运价备案制度实施办法进行补充修订，核心内容为以精细化备案替代幅度备案。
专业受理备案
在精细化备案模式下，上海航交所应要求提供技术保障、数据统计工作，并对精细化备案的实施效果作进一步分析和研究。
去年，上海航交所运价全年备案量超9500万条，同比增长119.3%。其中，国际集装箱班轮公司公布运价204万条，协议运价9313万条；无船承运业务经营者国内基本港出口主要航线公布运价196万条，同比增长72.35%；国内水路运输企业备案集装箱船舶数量742航次，运力记录647条，船期记录16139条，公布运价3114条，协议运价10条；海峡两岸间集装箱班轮公布运价生效11万条，协议运价生效103万条。
截至2016年10月底，全国共有117家具有国际班轮运输经营资格登记证的班轮公司履行了备案义务，备案中心累计受理生效公布运价579.8万条，生效协议运价2亿条；6000余家企业具有交通运输部颁布的无船承运业务经营资质，已递交运价备案申请表的无船承运人企业5357家，已备案的企业4671家，备案中心累计受理公布运价348万条；25家具有资质的班轮公司经营台湾海峡两岸集装箱班轮业务，全部履行备案义务，备案中心累计受理生效公布运价15.8万条，生效协议运价115.3万条。除班轮运价备案外，上海航交所受交通运输部委托还受理运力备案。根据《中华人民共和国国际海运条例》及《中华人民共和国国际海运条例实施细则》，上海航交所开发网上运力备案系统。通过“运力备案”栏目，国际船舶运输经营者、国际班轮运输经营者可以方便地在网上填报企业基本信息、船舶信息、航线运力信息，以履行规定的备案义务；政府管理部门能及时、准确、完整地收集并处理国际海运企业的基本信息和备案信息，加强了政府交通主管部门与企业的双向沟通。
此外，上海航交所还公布交通行业主管部门审核通过的班轮公司与无船承运业务经营者海运提单样本，提供相关企事业单位进行检索与查询。
稳定市场运价
航运市场运价属于市场调节价，由企业根据市场情况自行定价。运价备案制度并不直接影响企业定价，但对企业备案运价有时间上的制约（公布运价需提前30日备案，协议运价需提前24小时备案），间接对企业变动运价的行为有所限制，可起到稳定市场运价的作用。运价备案制度执行以来，国际班轮公司和无船承运业务经营者的运价在媒体上公开发布，信息透明度增强，市场得到进一步规范。
班轮运价备案制度执行后，交通运输部对查实的违反班轮运价备案制度的行为采取“零容忍”态度。班轮运价备案制度检查工作持续深入开展，在交通运输部领导下，上海航交所提供技术支持，对运价波动较为剧烈的主要港口进行多次检查，对违反班轮运价备案制度的班轮公司作出处罚。通过检查工作，提高了备案义务人的备案意识，严肃了法律性，为班轮运价备案工作的深入开展提供了保障。
班轮运价备案制度开始实施时正值市场面临全球金融危机肆虐，国内外实体经济受到严重冲击的困境。班轮运价备案制度的适时推出，对恢复航运市场信心、稳定航运市场运价、遏制航线恶性竞争起到了有效的作用。班轮运价备案制度执行以来，国际集装箱班轮经营者和无船承运业务经营者所公布的运价在媒体上公开发布，信息透明度增强，市场得到进一步规范。
从实际效果来看，上海航交所协助交通运输部水运局对重点监管的中日航线开展较为频繁的运价检查。2014年5月，中日航线重现“负运价”，本就利润微薄的中日航线上的很多货主、货代、班轮公司联名上书上海航交所“求助”。上海航交所多次对青岛、天津、大连口岸经营中日航线的班轮公司履行运价备案制度情况进行检查、取证工作，发挥了制度对稳定市场运价的作用，进一步规范了中日航线市场竞争秩序。
中日、中韩和东南亚等近洋航线一直是恶性竞争较为严重的区域。为此，在交通运输部水运局的指导下，上海航交所牵头会员单位，协商成立日本航线专业委员会，引导班轮公司遵守行业管理法规，规范市场运作，协调班轮公司加强自律，有序投放运力，保证班轮公司稳定经营。
在欧洲、地中海、南非、南美等远洋主干航线上，由于运力供求过剩，市场竞争异常激烈，上海航交所本着为会员服务的宗旨，多次召开座谈会，沟通航运市场供求情况，引导市场理性经营、规范运作，维护了市场的健康发展。
协助政府监管
班轮运价备案制度是目前国务院交通主管部门对国际班轮市场进行事中、事后监管的抓手。上海航交所作为交通运输部指定的全国唯一的运价备案受理机构，制订备案操作指南，受理运价信息，提供技术保障，配合交通主管部门实施运价检查，在市场监管工作中不断探索，为维护国际集装箱运输市场公平竞争秩序和环境，保障运输各方当事人合法权益积极努力。
截至2016年9月底，国务院交通主管部门直接或授权地方交通主管部门，并由上海航交所配合共实施运价备案检查20次，对169家（次）班轮公司进行调查取证，对其中超过100多家企业进行了行政处罚。
上海航交所还通过受理运价备案，进一步辅助政府决策。班轮运价备案制度要求备案义务人根据实际的经营活动进行备案，一些不合理、不规范的操作行为会在备案义务人备案运价时得到及时反映，交通主管部门通过班轮运价备案制度可以纠正和规范这些行为，为规范市场提供直接、有效的手段。例如2010年重点整治的签约客户套约问题，及2012年对人民币计价的海运附加费的规范等。
此外，班轮运价备案制度还为政府管理部门的日常管理提供了有效的工具，为交通运输部出台宏观管理政策、商务部实施反垄断审查、国家发改委进行反垄断调查、海关总署实施外贸进出口货物与价格分析、海事法院案件审理等等提供了决策参考。
近年来，班轮运价备案制度的实施促进了上海航交所的国际影响力不断增强，上海航交所与欧美、日韩等国关于班轮运价备案制度方面的交流和合作意向日益增多。如今，上海航交所与美国联邦海事委员会被并称为世界海运监管体系的两大“风向标”。